وكان كشغري قد ارتكب جرمه من خلال ما كتبه في مدونته في الموقع الاجتماعي (تويتر)، ثم صدرت التوجيهات العاجلة بالقبض عليه وإحالته للقضاء والتحقيق والادعاء العام، وكان قد هرب إلى ماليزيا وقامت بالقبض عليه وتسليمه إلى السعودية، وقد كشفت التحقيقات عن وجود خلايا وجهات داخلية شجعت كشغري وأيدته في الهجوم على الذات الإلهية.
وكشف أحد المغردين - والذي يدعى خضر بن سند - في تويتر عن اللقاءات التي كانوا يجتمعون فيها، وقال في إحدى تغريداته: "ما إن ظهرت قضية كشغري حتى ظن الكثيرون أنه نتاج فكر شخصي وقراءت فردية… ولكن الحقائق تظهر أنه من مخرجات خلايا نائمة".
وأوضح في تغريدة ثالثة: "هذه الخلايا تجمعت في جدة بشكل مستمر وأصبحت تتجمع في مقاهي أو ديوانيات خاصة… واتخذت أشكالاً عديدةً لنشر أفكارها"، مشيرا إلى أن كشغري كان يتردد على هذه المقاهي وأنه قابله هناك.
وقد رفض الشيخ عبدالعزيز بن عبدالله آل الشيخ، مفتي المملكة العربية السعودية رئيس هيئة كبار العلماء، محاكمة كشغري أمام وزارة الإعلام، مطالبا بمحاكمته أمام المحاكم الشرعية