يذكر أن البوطي صاحب مواقف مخزية من الثورة السورية، وقد أثارت عدة فتاوى أصدرها حفيظة المتظاهرين في مدينة دير الزور؛ ما دعاهم إلى إحراق كتبه في جمعة "أحفاد خالد" (22 يوليو).
وكان أغرب هذه الفتاوى الصادرة عن البوطي - بحسب رأي الكثير من المحتجين - إجازته السجود على صور رئيس النظام السوري بشار الأسد.
وجاءت فتوى البوطي ردًّا على سؤال وجه من سائل من دوما يسأل عن حكم الإثم الذي لحقهم بعد إجبار الأمن لهم بالسجود على صورة بشار.
وأجاب البوطي بقوله: "اعتبر صورة بشار بساطًا.. ثم اسجد فوقه"، على حد قوله.
وفي فتوى سابقة للبوطي لم يحرم إطلاق النار على المتظاهرين ردًّا على جندي يسأله عن حكم إطلاق النار على المتظاهرين فأجاب بأنه "إذا علم المجند أنه تسبب بقتل فعليه الدية للورثة؛ وأن يصوم شهرين وإن لم يستطع فإطعام فقير لمدة شهرين. أما إن كان تسبب المجند بجروح فله أن يدعو الله أن يسامحه أصحاب العلاقة".
وفي فتوى أخرى، توجَّه سائل إلى الدكتور البوطي يطلب منه عبر موقعه الإلكتروني بيان حكم "المسيرات المؤيدة" التي ترفع صور الرئيس وتهتف بحياته ويُقطع من أجلها الطرقات في مختلف المحافظات السورية، فجاء رد الشيخ مقتضبًا: "كان الجواب عن حكم الخروج في المظاهرات جوابًا عامًّا، والكل داخل في حكم وجوب سد الذرائع".
وقد قوبلت فتاوى ومواقف البوطي بغضب واستنكار شديدين من قبل المسلمين في شتى أصقاع الأرض، وحملوه مسئولية الدماء التي تجري في سوريا، مستعيدين السيرة العطرة للشيخ العز بن عبد السلام الذي وقف أمام حاكم دمشق من قبل، وسيرة الإمام ابن تيمية، وغيرهم من العلماء الذي وقفوا في وجه السلاطين وتعرضوا للسجن والعقاب.