وصف الرئيس السوداني عمر حسن البشير الرئيسَ المصري المخلوع حسني مبارك - الذي أطيح به في فبراير تحت ضغط الاحتجاجات الشعبية - بأنه كان يمثل جزءًا من التآمر ضد السودان.
وأضاف في مقابلة مع صحيفة "الشرق الأوسط" نشرتها الأحد: "أقول بصريح العبارة: إن مصر في عهد حسني مبارك كانت جزءًا من التآمر على السودان، ولكن الآن المجلس العسكري المصري لديه قناعة تامة بأن السودان يمثل أمنًا قوميًّا لمصر، سواء كان أمنًا غذائيًّا، أو مائيًّا، أو عسكريًّا أو معلوماتيًّا أو غيره.. وأعتقد أنها رؤية ممتازة ومهمة كانت غائبة عن النظام المصري السابق".
وأعرب البشير الذي كان أول زعيم عربي يزور مصر بعد الثورة عن ثقته بأن الرئيس المصري القادم أيًّا كان سيكون حريصًا على علاقات طيبة مع السودان "ونحن على قناعة تامة بأن من يأتي سوف يكون إفرازًا لثورة شعبية ويأتي عبر الانتخابات التي ستكون أكثر قدرة على اتخاذ القرارات فنحن مطمئنون للغاية على مستقبل علاقتنا مع مصر".
 وقال الرئيس السوداني: إنه في أعقاب الثورة التي أطاحت بنظام مبارك "قمنا فورًا بالاتصال بإخواننا في المجلس العسكري لأننا نعتبر أن العلاقة بين مصر والسودان هي علاقة خاصة ومتينة ولها أبعاد كثيرة، فقد قمنا بعقد جلسة (هنا في السودان) مع المجلس العسكري، ولكننا نعتبر أن هذه كلها أجسام انتقالية، لذا لم نسعَ إلى حل القضايا الأساسية مثل قضية حلايب، وهي قضية محورية. فلا نريد تحميل وزر بعض القضايا للأجسام الانتقالية وننتظر تشكيل الحكومة المستدامة. ويمكننا القول بأن كثيرًا من الفتور والغبش والأشياء السالبة في العلاقة بين مصر والسودان قد انتهت.
ورأى البشير الذي وصل إلى السلطة من خلال انقلاب عسكري في عام 1988 أن ما يحدث في جنوب كردفان ما هو إلا مخطط أجنبي "يهدف إلى تغيير النظام ونعرف من يقف خلفه"، على حد قوله.
وقال: إن القائمين على هذا المخطط "المزعوم لديهم إحساس بأن الأمر في مصر قد خرج عن سيطرتهم وفشلوا في السيطرة على الساحة السياسية، لذا عليهم محاصرة مصر من بوابة السودان وليبيا.

والواضح أن التطورات السياسية في المنطقة تتجه إلى عكس مصالح (إسرائيل)".