وقفت جماعة "الإخوان المسلمين" على مسافة بعيدة من إيران، التي أثار موقفها من الثورة الشعبية انتقادات واسعة لم تقتصر على رد الفعل الحكومي في مصر بل امتدت حتى داخل المحتجين المعتصمين بميدان التحرير الذين هتفوا ضد إيران، بعد تصريحات اعتبر فيها مرشدها علي خامنئي أن ما يجري في مصر اكتسب قوة دفع من إيران.
ونأى محمد مرسي، عضو مكتب الإرشاد، المتحدث الإعلامي باسم "الإخوان" بالجماعة عن التصريحات الصادرة من إيران و"حزب الله" لدعم المعارضة المصرية.
وقال إن الإخوان "ليسوا مسئولين عن التصريحات الخارجية سواء من إيران أو لبنان أو غيرها ولا يريدون أن يتدخل أحد في شئون مصر الداخلية"، وفق ما نقل موقع CNN بالعربية.
وأضاف أن ما يجري في مصر "ثورة شعبية مصرية خالصة ولا يستطيع أحد أن ينسب الفضل لنفسه في القيام بها".
وسخر من اتهام الأجهزة الأمنية في مصر لحركة "حماس" بلعب دور في ما حصل، معتبرا أن  "ذلك يمثل إساءة بالغة لمصر.. كيف للمحاصرين في غزة أو غيرهم أن يحركوا 80 مليون مصري".
وكانت جماعة "الإخوان" كبرى جماعات المعارضة في مصر والمحظورة حكوميا قد دخلت في مفاوضات مع نائب الرئيس عمر سليمان في وقت سابق من هذا الأسبوع، لمحاولة الخروج من الأزمة الراهنة.
لكن مرسي الذي شارك في الحوار قال إن الجلسة التي جرت مع نائب الرئيس عمر سليمان "لم تكن حوارًا بمفهومه الصحيح، وإنما خطوة لتدشين الحوار،" وأشار إلى رفضه قيام دولة دينية في مصر لأنها "ضد الإسلام"، علما بأن الجماعة سبق أن صرحت بأنها ترحب بقيام دولة مدنية.
وفيما يتعلق بموقف "الإخوان" من معاهدة السلام المبرمة مع "إسرائيل" في حال تغيير النظام، قال مرسي: "مصر دولة كبيرة، ولديها مؤسسات، وبرلمان وبعد أن يكون البرلمان منتخبًا بإرادة الشعب وله حق تشكيل الحكومة، وإسقاطها فإنه هو الذي يحدد الاتفاقات والمعاهدات الخارجية والتي ستكون وفقًا للإرادة السياسية".
من جانبه، قلل الدكتور عصام العريان، عضو مكتب الإرشاد، الناطق الإعلامي باسم الجماعة من المخاوف الغربية من سيطرة الإسلام، وقال في رده، إن هذا "كلام مردود عليه، خاصة أن الإسلام يؤمن بحرية المعتقدات ولا يريد من أحد أن يفرض على أحد معتقداته،" موضحًا أن الإخوان ضد "الدولة الدينية لأن الإسلام ضدها، بينما هم مع الدولة المدنية ذات المرجعية الإسلامية".
وكانت جماعة "الإخوان المسلمون،" حافظت على ظهورها المتواضع ضمن الاحتجاجات التي تشهدها مصر، ويعقد عدد من القياديين فيها مؤتمرات صحفية كل يوم لعرض وجهة نظرهم تجاه الأحداث.
وأكدت قيادات الجماعة أنهم "ليس لديهم في الفترة القادمة مرشح للرئاسة، وأنهم يريدون الحرية والعدالة للشعب المصري، وأنهم على الاستعداد التام للنهوض بالوطن العزيز والمشاركة الفعالة في إخراجه من أزمته الراهنة".
ووفقا لبيان نشرته الجماعة على موقعها، فإن مطلب الإخوان الرئيسي هو "رحيل الرئيس مبارك وتغيير النظام،" مشيرًا إلى أن "التظاهر حقٌّ كفله الدستور، وأن مطالب المتظاهرين هي نفس مطالب الإخوان"، موضحًا أن "الإخوان لم يقودوا هذه المظاهرات وإنما مشاركون فيها مثل غيرهم".