أثار إعلان الولايات المتحدة دعمها  العسكري لجنوب السودان انتقادات حكومة الخرطوم, التي اعتبرت الإعلان خطوة لجر المنطقة إلى المجهول.
وأوضحت الحكومة السودانية أن القرار - إذا ما نفذ "سيؤدي إلى ما لا تُحمد عقباه، ويعتبر خرقًا لاتفاقية السلام الشامل بين الدولتين ويهدد السلام في المنطقة", وفقا للجزيرة نت.
وأشارت إلى أن واشنطن بهذه الخطوة تدعم "حكومة غير رشيدة تهدد مواطنيها وجيرانها مما يعني أن السلاح سيصل إلى الحركات المسلحة بدارفور غربي السودان التي تدعمها جوبا بالمال والرجال أصلا". 
ورأت أنه كان على الإدارة الأميركية دعم دولة الجنوب بمشروعات تنموية بدلا من السلاح "الذي يهدد الأمن والاستقرار والسلم في جميع أنحاء القرن الأفريقي".  
وأكدت عبر الناطق الرسمي باسم الحزب الحاكم إبراهيم غندور أن السعي لتغير موازين المنطقة لصالح الجنوب لن يكون الاعتداء فيه على السودان فحسب "وإنما سيتعداه إلى جيرانه الذين لهم حدود مع دولة الجنوب مثل كينيا وأوغندا".
وأوضح غندور أن القرار الأميركي سيفتح الباب لدول أخرى كإسرائيل  لزعزعة استقرار المنطقة بأسرها، معتبرا أن من شأن هذه الخطوة جعل حكومة دولة الجنوب أكثر تعنتا في حل القضايا العالقة مع بلاده، منبها إلى خطورة الأمر الذي وصفه بأنه مؤسف.

ووافق الرئيس الأمريكي باراك أوباما على أن تقدّم إدارته مساعدة عسكرية محتملة إلى حكومة جنوب السودان، الدولة التي ولدت في منتصف عام 2011 لكنها ما تزال تشهد أعمال عنف داخلية وتوترات خطيرة مع الخرطوم.
وقال البيت الأبيض: "أوباما أبلغ وزيرة الخارجية الأمريكية هيلاري كلينتون بأن تزويد جمهورية جنوب السودان بمعدات وخدمات دفاعية سيعزز أمن الولايات المتحدة وسيسمح بنشر السلام في العالم.
وصرّح مسئول كبير في الرئاسة الأمريكية  "هذا الإجراء ليس قرارًا بمنح هذه المساعدة، بل مجرد إجراء لا بد منه للاستمرار في تقديم المساعدة الأمنية التي كانت الولايات المتحدة تقدمها لحكومة إقليم جنوب السودان قبل استقلاله في 11 يوليو 2011".