قرر الأنبا شنودة بابا الإسكندرية إجراء أول تعداد لأقباط مصر بعد الثورة، وذلك بواسطة "لجان الافتقاد" على مستوى الجمهورية، وعبر قيام كل كنيسة بتسليم كشوف المقيدين فيها إلى المطرانية التابعة لها، والتي ستقوم بدورها بتعداد الأقباط بكل الكنائس الموجودة في إطارها الجغرافي، ومن ثم ترسل تقريرًا لشنودة مباشرة.
و"استمارة الافتقاد" مقسمة إلى عدة بنود، منها بيانات عن تاريخ الميلاد والعنوان والكنيسة التابع لها إضافة الى بيانات عن الحالة الإجتماعية والوظيفة و الشهادة العلمية.
ويؤكد شنودة بصورة مستمرة، أن الكنيسة تعرف أعداد الأرثوذكس عن طريق "كشوف الافتقاد"، قائلاً: "نحن نستطيع معرفة عدد شعبنا، ولا يهمنا العدد المعلن". وحدد في أكتوبر 2008 خلال مقابلة مع قناة (O.t.v) الفضائية تعداد الأقباط بــ 12 مليون استنادًا لآخر "كشوف الافتقاد"، حسب قوله .
وتشيرالتقديرات الرسمية إلى أن نسبة المسيحيين تناهز 4% من عدد سكان مصر البالغ 83 مليون نسمة. لكن الكنيسة تشكك على الدوام في تلك التقديرات.
كما كشف أحدث تقرير أمريكي الصادر عن مركز "بيو" الأمريكي للأبحاث  نهاية عام 2009 أن المسلمين يشكلون أكثر من 95% من عدد سكان مصر، وأن الأقليات الدينية الأخرى تشكل في مجموعها ما يزيد قليلا على 5% من عدد السكان.
ووفقًا للتقرير الأمريكي، فإنَّ الأقليات الدينية، وهي تشمل الأقباط الأرثوذكس والأقباط الإنجيليين والأقباط الكاثوليك وطوائف أخرى أقل عددا، تشكل جميعها 5.4 % فقط من الشعب المصري، أي حوالي 4.5 مليون شخص من عدد سكان مصر البالغ 83 مليون شخص، حيث يتراوح تعداد أقباط مصر حول أربعة ملايين نسمة. وهذا المسح جاء ضمن تقرير منتدى "بيو" عن أعداد المسلمين في العالم.